生物标志物分析PCR可以被认为是与发生在细胞内的DNA复制过程相似的技术，其结果都是以原来的DNA为模板产生新的互补DNA片段。细胞中DNA的复制是一个非常复杂的过程。参与复制的有多种因素。PCR是在试管中进行的DNA复制反应，基本原理与细胞内DNA复制相似，但反应体系相对较简单。
　　PCR由变性--退火--延伸三个基本反应步骤构成：
　　①模板DNA的变性：模板DNA经加热至94℃左右一定时间后，使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离，使之成为单链，以便它与引物结合，为下轮反应做准备；
　　②模板DNA与引物的退火(复性)：模板DNA经加热变性成单链后，温度降至55℃左右，引物与模板DNA单链的互补序列配对结合；
　　③引物的延伸：DNA模板--引物结合物在Taq酶的作用下，以dNTP为反应原料，靶序列为模板，按碱基配对与半保留复制原理，合成一条新的与模板DNA 链互补的半保留复制链。
　　重复循环变性--退火--延伸三过程，就可获得更多的“半保留复制链"，而且这种新链又可成为下次循环的模板。每完成一个循环需2——4分钟，2——3小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。
　　荧光PCR如何实现实时监控的呢？
　　1、PCR反应体系中加入荧光染料。
　　2、所有的定量PCR仪器都有三个共同的组成部分（检测器、激发光源、热循环模块）。
　　3、在扩增过程中，荧光信号随着PCR产物的增加而增强。
　　4、每个循环结束后，定量PCR仪器通过光学系统记录荧光信号的增加。
　　5、PCR软件计算出数据，用于实验结果的分析ARMS检测方法；1个SNP位点设计双管反应，含目的基因检测及内参检测双通道。